1.财务报告内部控制缺陷的认定标准
财务报告内部控制缺陷的认定标准由该缺陷可能导致财务报表错报的重要程度来确定，这种重要程度主要取决于两方面因素：第一，该缺陷是否具备合理可能性导致内部控制不能及时防止、发现并纠正财务报表错报;第二，该缺陷单独或连同其他缺陷可能导致的潜在错报金额的大小。
重大缺陷。如果一项内部控制缺陷单独或连同其他缺陷具备合理可能性导致不能及时防止、发现并纠正财务报表中的重大错报，就应将该缺陷认定为重大缺陷。合理可能性是指大于微小可能性(几乎不可能发生)的可能性，对合理可能性的理解涉及评价人员的职业判断，且这种判断在不同评价期间应保持一致。重大错报中的“重大”，涉及企业确定的财务报表的重要性水平。一般而言，企业可以采用绝对金额法(如规定金额超过10 000元的错报应当认定为重大错报)或相对比例法(例如，规定超过净利润5%的错报应当认定为重大错报)来确定重要性水平。如果企业的财务报告内部控制存在一项或多项重大缺陷，就不能得出该企业的财务报告内部控制有效的结论。
重要缺陷。如果一项内部控制缺陷单独或连同其他缺陷具备合理可能性导致不能及时防止、发现并纠正财务报表中虽然未达到和超过重要性水平、但仍应引起董事会和经理层重视的错报，就应将该缺陷认定为重要缺陷。重要缺陷并不影响企业财务报告内部控制的整体有效性，但是应当引起董事会和经理层的重视。对于这类缺陷，应当及时向董事会和经理层报告，因此也称为“应报告情形”。
一般缺陷。不构成重大缺陷和重要缺陷的财务报告内部控制缺陷，应认定为一般缺陷。
2.非财务报告内部控制缺陷的认定标准
企业可以根据自身的实际情况，参照财务报告内部控制缺陷的认定标准，合理确定非财务报告内部控制缺陷的定量和定性认定标准。
(1)定量标准，即是对事物进行数量测定和量化处理。既可以根据缺陷造成直接财产损失的绝对金额制定，也可以根据缺陷的直接损失占本企业资产、销售收入或利润等的比率确定。
(2)定性标准，可以根据缺陷潜在负面影响的性质、范围等因素确定。
非财务报告内部控制缺陷认定标准一经确定，必须在不同评价期间保持一致，不得随意变更。
3.常见的内部控制重大缺陷情形
当有确凿证据表明企业在评价期末存在下列情形之一时，通常应认定为内部控制重大缺陷：企业财务报表已经或者很可能被注册会计师出具否定意见或者拒绝表示意见;企业审计委员会和内部审计机构未能有效发挥监督职能;企业董事、监事和高级管理人员已经或者涉嫌舞弊，或者企业员工存在串谋舞弊情形并给企业造成重要损失和不利影响;企业在财务会计、资产管理、资本运营、信息披露、产品质量、安全生产、环境保护等方面发生重大违法违规事件和责任事故，给企业造成重要损失和不利影响，或者遭受重大行政监管处罚。
上述控制缺陷如果对企业财务报表的真实可靠性产生影响，则为财务报告内部控制重大缺陷;如果不影响财务报表的真实可靠，则为非财务报告内部控制重大缺陷。
企业内控制评价工作组应建立评价质量交叉复核制度，评价工作组负责人应当对评价工作底稿进行严格审核，并对所认定的评价结果进行签字确认后，提交企业内部控制评价部门。
内部控制评价部门应当编制内部控制缺陷认定汇总表，结合日常监督和专项监督发现的内控制缺陷及其持续改进情况，对内控制缺陷及其成因、表现形式和影响程度进行综合分析和全面复核，提出认定意见，并以适当形式向董事会、监事会或经理层报告。重大缺陷应当由董事会予以最终认定。
对于认定的重大缺陷，还应及时采取应对策略，切实将风险控制在可承受度之内，并追究有关机构或相关人员的责任。
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